สารประกอบนี้ถูกนำมาใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในเทคนิคการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตะกอน (SPPS) สารนี้ทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยที่กลุ่มฟลูออเรนิลเมท็อกซีคาร์บอนิล (Fmoc) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันชั่วคราวสำหรับหมู่อะมิโน หมู่โครแมนซัลโฟนิลกวานิดีนให้ความเสถียรและความจำเพาะเพิ่มเติมในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ การประยุกต์ใช้ของมันมีความสำคัญอย่างยิ่งในการผลิตเปปไทด์และโปรตีนที่ซับซ้อน ซึ่งช่วยให้สามารถควบคุมลำดับและโครงสร้างของโมเลกุลที่สังเคราะห์ได้อย่างแม่นยำ สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการวิจัยและพัฒนายาในอุตสาหกรรมเภสัชภัณฑ์ ซึ่งต้องการเปปไทด์ความบริสุทธิ์สูงสำหรับการค้นพบยา สารบำบัด และการศึกษาทางชีวเคมี