Fmoc-6-aminohexanoic acid ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะบล็อกก่อสร้าง มันทำหน้าที่เป็นโมเลกุล spacer หรือ linker ซึ่งช่วยให้สามารถติดตั้งกลุ่มฟังก์ชันหรือกลุ่มป้องกันกับเปปไทด์ได้ สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งใน solid-phase peptide synthesis (SPPS) เนื่องจากมีกลุ่มป้องกัน Fmoc (fluorenylmethyloxycarbonyl) ซึ่งสามารถถูกกำจัดออกได้ภายใต้สภาวะเบสอ่อน นอกจากนี้ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนายา 기반เปปไทด์ วัสดุชีวภาพ และ bioconjugates ซึ่งการควบคุมโครงสร้างโมเลกุลอย่างแม่นยำเป็นสิ่งจำเป็น นอกจากนี้ยังมีการประยุกต์ใช้ในการสังเคราะห์ peptide nucleic acids (PNAs) และเปปไทด์ที่ถูกปรับเปลี่ยนอื่นๆ สำหรับวัตถุประสงค์การวิจัยและบำบัด