ไกลซีนเอทิลเอสเตอร์ไฮโดรคลอไรด์ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับเปปไทด์และโมเลกุลซับซ้อนอื่นๆ โดยทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการผลิตเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการสังเคราะห์ส่วนประกอบเภสัชภัณฑ์ที่ใช้งานได้ (APIs) และยาที่มีพื้นฐานจากเปปไทด์ สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมเอสเตอร์และอะไมด์ ซึ่งมีความสำคัญในปฏิกิริยาเคมีต่างๆ นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการวิจัยทางชีวเคมีสำหรับการปรับเปลี่ยนโปรตีนและเปปไทด์เพื่อศึกษากโครงสร้างและหน้าที่ของพวกเขา บทบาทในการอำนวยความสะดวกกระบวนการเอสเทอร์การและอะไมเดชันทำให้มีคุณค่าสูงทั้งในอุตสาหกรรมและห้องปฏิบัติการ