S-Benzyl-L-cysteine ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะกลุ่มปกป้องสำหรับฟังก์ชัน thiol ของ cysteine ซึ่งช่วยป้องกันปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ระหว่างการก่อตัวของพันธะเปปไทด์ สิ่งนี้ช่วยรักษาความสมบูรณ์ของโซ่เปปไทด์ นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมเปปไทด์ที่มี cysteine สำหรับการวิจัยเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่เล็งเป้าไปที่ความเครียดออกซิเดชันและโรคเสื่อมถอยของระบบประสาท นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลชีวภาพและตัวยับยั้งเอนไซม์ ซึ่งมีส่วนช่วยในการพัฒนาเคมียารักษา บทบาทของมันในการทำให้ cysteine residues เสถียรทำให้มีคุณค่าในการศึกษาทางชีวเคมีและวิศวกรรมโปรตีน