L-Alanine tert-butyl ester hydrochloride ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่คาร์บอกซิลของอะลานีน ช่วยป้องกันปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ระหว่างการเกิดพันธะเปปไทด์ กลุ่มเอสเตอร์เทอร์ต-บิวทิลมีข้อดีเป็นพิเศษเพราะสามารถกำจัดได้ง่ายภายใต้สภาวะกรดอ่อน ทำให้เหมาะสำหรับลำดับเปปไทด์ที่ละเอียดอ่อน สารประกอบนี้ยังใช้ในการเตรียมอนุพันธ์อะมิโนกรดและสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ ซึ่งต้องการการป้องกันหมู่ฟังก์ชันอย่างเลือกสรร ความคงทนและความง่ายในการกำจัดทำให้เป็นสารเคมีที่มีค่าทั้งในงานวิจัยทางวิชาการและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรมที่เกี่ยวข้องกับเคมีเปปไทด์