Fmoc-D-3-Cyanophenylalanine ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) เนื่องจากกลุ่ม Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันที่สามารถถอดออกได้ง่ายด้วยเบส ทำให้เหมาะสำหรับการสร้างเปปไทด์ที่มีโครงสร้างซับซ้อน นอกจากนี้ กลุ่มไซยาโนในโครงสร้างยังช่วยเพิ่มความหลากหลายทางเคมีของเปปไทด์ ทำให้สามารถนำไปใช้ในการออกแบบและพัฒนายาใหม่ๆ รวมถึงการศึกษาปฏิสัมพันธ์ระหว่างเปปไทด์กับโปรตีนเป้าหมายในงานวิจัยทางชีววิทยาและเภสัชวิทยา