สารนี้มักใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งเป็นวิธีการที่นิยมในการสร้างเปปไทด์ในห้องปฏิบัติการ FMOC-4-BENZOYL-D-PHENYLALANINE ทำหน้าที่เป็นหน่วยสร้าง (building block) ที่ช่วยในการต่อสายเปปไทด์อย่างแม่นยำ โดยกลุ่ม FMOC (fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกัน (protecting group) สำหรับหมู่อะมิโน ช่วยให้สามารถควบคุมการเกิดปฏิกิริยาได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ กลุ่มเบนโซิล (benzoyl) ยังช่วยเพิ่มความเสถียรและความจำเพาะของสารในกระบวนการสังเคราะห์ ทำให้สารนี้มีประโยชน์อย่างมากในการวิจัยและพัฒนายา รวมถึงการศึกษาทางชีวเคมีที่เกี่ยวข้องกับเปปไทด์และโปรตีน