เอล-(-)-ไลซีนโมโนไฮโดรคลอไรด์ ใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมอาหารเป็นอาหารเสริมโภชนาการเพื่อเพิ่มปริมาณโปรตีนในผลิตภัณฑ์ต่างๆ โดยเฉพาะในธัญพืชและผลิตภัณฑ์เบเกอรี่ นอกจากนี้ยังเพิ่มลงในอาหารสัตว์เพื่อส่งเสริมการเจริญเติบโตและปรับปรุงสุขภาพโดยรวมในปศุสัตว์

ในภาคเภสัชกรรม ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบหลักในยาที่มุ่งรักษาและป้องกันการขาดไลซีน ซึ่งอาจนำไปสู่ปัญหาสุขภาพต่างๆ ยังใช้ในการปรุงอาหารเสริมเพื่อสนับสนุนการทำงานของระบบภูมิคุ้มกันและช่วยในการดูดซึมแคลเซียม ส่งเสริมสุขภาพกระดูก

นอกจากนี้ เอล-(-)-ไลซีนโมโนไฮโดรคลอไรด์ ใช้ในผลิตภัณฑ์เครื่องสำอางสำหรับบทบาทในการสังเคราะห์คอลลาเจน ช่วยรักษาความยืดหยุ่นของผิวและลดสัญญาณแห่งวัย การประยุกต์ใช้ขยายไปยังห้องปฏิบัติการวิจัยที่ใช้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในการศึกษาทางชีวเคมีและการทดลองสังเคราะห์โปรตีน