ไลโซไซม์ถูกใช้ในอุตสาหกรรมต่างๆ หลายด้าน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมอาหารและเครื่องดื่ม เนื่องจากมีคุณสมบัติในการยับยั้งการเจริญเติบโตของแบคทีเรียบางชนิด โดยเฉพาะแบคทีเรียแกรมบวก ทำให้ใช้เป็นสารกันเสียตามธรรมชาติในผลิตภัณฑ์ เช่น ชีส เนย ไส้กรอก และไวน์ ช่วยยืดอายุการเก็บรักษาได้ ในอุตสาหกรรมยาและเวชภัณฑ์ ไลโซไซม์ถูกใช้ในยาหยอดตา ยาแก้เจ็บคอ และผลิตภัณฑ์ดูแลดวงตา เพราะช่วยลดการติดเชื้อจากแบคทีเรีย และมีบทบาทในการเสริมระบบภูมิคุ้มกัน นอกจากนี้ยังใช้ในผลิตภัณฑ์เครื่องสำอางเพื่อช่วยลดสิวและป้องกันการติดเชื้อในผิวหนัง และในห้องปฏิบัติการ ใช้ในการสกัดดีเอ็นเอหรือทำลายผนังเซลล์แบคทีเรียเพื่อการวิจัยทางชีววิทยาโมเลกุล