เบทาอีนไฮโดรคลอไรด์ใช้อย่างแพร่หลายเป็นผลิตภัณฑ์เสริมอาหารเพื่อสนับสนุนสุขภาพการย่อยอาหาร ช่วยในการผลิตกรดในกระเพาะอาหาร ซึ่งจำเป็นสำหรับการย่อยอาหารและการดูดซึมสารอาหารอย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้มีประโยชน์อย่างยิ่งสำหรับผู้ที่มีระดับกรดในกระเพาะอาหารต่ำ ซึ่งเป็นภาวะที่เรียกว่าฮิโปคลอไรเดรีย

นอกจากประโยชน์ด้านการย่อยอาหารแล้ว ยังใช้ในการรักษาภาวะโฮโมซิสตินูเรีย ซึ่งเป็นความผิดปกติทางพันธุกรรมที่ส่งผลต่อการเผาผลาญกรดอะมิโนเมไธโอนีน โดยช่วยลดระดับโฮโมซิสทีนในเลือดที่สูงเกินไป สามารถลดความเสี่ยงของภาวะแทรกซ้อนทางหลอดเลือดหัวใจที่เกี่ยวข้องกับภาวะนี้

นอกจากนี้ ยังรวมอยู่ในสูตรอาหารเสริมสำหรับโภชนาการกีฬาและการฟื้นฟูกล้ามเนื้อ เนื่องจากอาจช่วยปรับปรุงประสิทธิภาพการออกกำลังกายและลดความเมื่อยล้าของกล้ามเนื้อ ความสามารถในการสนับสนุนการทำงานของตับและกระบวนการขจัดสารพิษทำให้เป็นส่วนประกอบที่มีคุณค่าในผลิตภัณฑ์สุขภาพและเวลเนสต่างๆ