(S)-Methyl 2-aminohexanoate hydrochloride ใช้หลักๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นสารกลางในการสังเคราะห์ยาหลากหลายชนิด โดยเฉพาะยาที่มุ่งเป้าไปยังภาวะทางระบบประสาทและหัวใจและหลอดเลือด มีบทบาทสำคัญในการผลิตสารประกอบ chiral ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะของยา นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในงานวิจัยและพัฒนาสำหรับสร้างยาแบบ peptide-based และศึกษากลไกของเอนไซม์ การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการสังเคราะห์อินทรีย์ ซึ่งทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับโมเลกุลซับซ้อนในเคมียารักษา