β-Alanine Hydroiodide ใช้หลักในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมเปปไทด์และโมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อนอื่นๆ มันทำหน้าที่เป็นรีเอเจนต์ในการสังเคราะห์กรดอะมิโน β ซึ่งเป็นส่วนประกอบสำคัญในการพัฒนายาและสารชีวภาพที่มีฤทธิ์ นอกจากนี้ ยังใช้ในการศึกษายับยั้งเอนไซม์และลิแกนด์รีเซพเตอร์ ซึ่งช่วยในการค้นพบตัวแทนบำบัดใหม่ การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการวิจัยทางชีวเคมีและชีววิทยาโมเลกุล ซึ่งช่วยในการทำความเข้าใจปฏิสัมพันธ์ของโปรตีนและกระบวนการในเซลล์