Ethyl 3-Amino-2,2-difluoropropanoate Hydrochloride ใช้หลักในการวิจัยและพัฒนายาเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพต่าง ๆ โดยเฉพาะที่มุ่งเป้าไปยังการประยุกต์ใช้ทางการบำบัด โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครซึ่งมีทั้งกลุ่มอะมิโนและกลุ่มไดฟลูออโร ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบโมเลกุลที่มีความเสถียรและกิจกรรมทางชีวภาพที่เพิ่มขึ้น สารประกอบนี้มักใช้ในการเตรียมอนุพันธ์ฟลูออรีนของกรดอะมิโน ซึ่งมีความสำคัญในกระบวนการค้นพบยาเพื่อปรับปรุงคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์และความเสถียรทางเมแทบอลิซึม นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนายาต้านมะเร็งที่เป็นไปได้ ยาต้านไวรัส และตัวยับยั้งเอนไซม์ โดยการนำอะตอมฟลูออรีนเข้ามาสามารถเปลี่ยนแปลงการโต้ตอบกับเป้าหมายทางชีวภาพได้อย่างมีนัยสำคัญ บทบาทในเคมียาแสดงให้เห็นถึงความสำคัญในการส่งเสริมการรักษานวัตกรรมสำหรับโรคซับซ้อน