สารประกอบนี้ถูกนำไปใช้หลักๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยาต่างๆ โครงสร้างของมันที่มีทั้งกลุ่มอะมิโนและกรดคาร์บอกซิลิก ทำให้เป็นหน่วยย่อยที่หลากหลายในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน มันมักถูกใช้ในการพัฒนาสารยับยั้งเอนไซม์และสารต่อต้านตัวรับ โดยเฉพาะในการออกแบบยารักษาที่มุ่งเป้าไปที่โรคทางระบบประสาทและโรคหัวใจและหลอดเลือด นอกจากนี้ หมู่นาฟทาเลนยังช่วยในการนำไปใช้สร้างโพรบเรืองแสงและสารสำหรับการถ่ายภาพ สนับสนุนการวิจัยทางชีววิทยาและการประยุกต์ใช้ในการวินิจฉัย