Methyl 6-aminohexanoate hydrochloride ถูกใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับการผลิตสารประกอบเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น ทำหน้าที่เป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปที่ภาวะทางระบบประสาทและโรคหัวใจและหลอดเลือด กลุ่มฟังก์ชันอะมิโนและเอสเตอร์ทำให้เป็นสารเคมีที่หลากหลายสำหรับการสร้างโครงสร้างคล้ายเปปไทด์ ซึ่งจำเป็นต่อการออกแบบและพัฒนายา นอกจากนี้ ยังใช้ในการเตรียมโพลิเมอร์และสารเคลือบผิว ซึ่งคุณสมบัติของมันช่วยเพิ่มความทนทานและประสิทธิภาพของวัสดุ ในงานวิจัย ถูกนำมาใช้ในการศึกษากลไกปฏิกิริยาและพัฒนาเส้นทางสังเคราะห์ใหม่