3-Amino-2,2-difluoropropanoic acid hydrochloride ใช้หลักในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) ที่ต้องการส่วนประกอบที่มีฟลูออรีน โครงสร้างที่มีทั้งกลุ่มอะมิโนและไดฟลูออโรทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียรทางเมแทบอลิซึมที่เพิ่มขึ้น มักใช้ในการวิจัยเคมียาเพื่อออกแบบและปรับปรุงยาตัวสมัคร โดยเฉพาะยาที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับ ซึ่งการแทนที่ด้วยฟลูออรีนสามารถปรับปรุงความสัมพันธ์ในการจับและคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ นอกจากนี้ ยังเป็นสารกลางสำคัญในการผลิตสารเคมีเกษตร โดยนำฟลูออรีนเข้าไปเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความทนทานของยาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืช รูปแบบไฮโดรคลอไรด์ช่วยให้ละลายได้ดีขึ้นและจัดการง่ายในกระบวนการสังเคราะห์ต่างๆ