2-Amino-3,3,3-trifluoropropanoic acid hydrochloride ใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยารักษาโรคและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ สารนี้มักถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นหรือตัวกลางในปฏิกิริยาเคมีเพื่อสร้างโมเลกุลที่มีโครงสร้างเฉพาะ เช่น ยาต้านมะเร็งหรือสารยับยั้งเอนไซม์ นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการศึกษาวิจัยทางเภสัชวิทยาเพื่อพัฒนายาใหม่ที่มีประสิทธิภาพสูงและมีความปลอดภัยมากขึ้น