ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในการเตรียมโมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อนและยาเภสัชกรรม บทบาทหลักคือการป้องกันหมู่อะมีนระหว่างปฏิกิริยาหลายขั้นตอน ซึ่งช่วยให้สามารถดัดแปลงหมู่ฟังก์ชันอื่นๆ ได้อย่างเลือกสรร หมู่ tert-butoxycarbonyl (Boc) ให้ความเสถียรภายใต้สภาวะปฏิกิริยาต่างๆ และสามารถถูกกำจัดออกภายใต้สภาวะกรดอ่อนโดยไม่รบกวนโซ่เปปไทด์ หมู่ไซโคลเฮกซิลเพิ่มความหนาแน่นเชิง steric ซึ่งสามารถมีอิทธิพลต่อ stereochemistry และ reactivity ในสังเคราะห์แบบ asymmetric นอกจากนี้ยังเหมาะสำหรับการสังเคราะห์แบบขั้นตอนหรือ solid-phase synthesis เนื่องจากช่วยป้องกันปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการ นิยมใช้ในการพัฒนายับยั้งโปรติเอส, modulator ของเอนไซม์ และเปปไทด์ชีวภาพที่ต้องการการควบคุมโครงสร้างโมเลกุลอย่างแม่นยำ