ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบเปปไทด์และสารประกอบที่มีโครงสร้างคล้ายเปปไทด์ โดยเฉพาะในงานวิจัยและพัฒนายาที่ต้องการควบคุมโครงสร้างของกรดอะมิโน กลุ่ม tert-butoxycarbonyl (Boc) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันไนโตรเจน ช่วยให้สามารถควบคุมการเกิดปฏิกิริยาที่ตำแหน่งเฉพาะได้ ซึ่งมีความสำคัญต่อการสร้างโมเลกุลเชิงซ้อนที่ต้องการความจำเพาะสูง เช่น ยาต้านมะเร็ง หรือสารยับยั้งเอนไซม์ นอกจากนี้ยังนิยมใช้ในสังเคราะห์อินทรีย์แบบขั้นตอนเดียว (multi-step synthesis) เนื่องจากเสถียรภาพที่ดีในสภาวะปฏิกิริยาหลายรูปแบบและสามารถกำจัดกลุ่มป้องกันได้ง่ายภายหลัง