ใช้หลักๆ ในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน สารประกอบนี้ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาการจับคู่แบบเลือกเพศ โดยการปกป้องหมู่อะมีนด้วยกลุ่มป้องกัน Fmoc (fluorenylmethyloxycarbonyl) กลุ่มซัลโฟเนตช่วยเพิ่มความละลายในน้ำ ทำให้เหมาะสำหรับใช้ในระบบตัวทำละลายน้ำหรือผสม ซึ่งมีประโยชน์ในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสแข็งและกระบวนการไบโอคอนจูเกชัน โครงสร้างหลัก D-alanine มีประโยชน์ในการเตรียมเปปไทด์ที่มีการกำหนดโครงสร้างแบบสเตอรีโอเคมีเฉพาะ ซึ่งมักใช้ในงานวิจัยที่เกี่ยวข้องกับซับสเตรตของเอนไซม์ ตัวยับยั้ง หรือเปปไทด์ชีวภาพที่ปรับโครงสร้าง