สารนี้ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน ซึ่งช่วยให้เกิดปฏิกิริยาการจับคู่แบบเลือกสรรได้ในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ทั้งแบบเฟสแข็งและเฟสละลาย หมู่ Fmoc ช่วยป้องกันหมู่อัลฟา-อะมีนแบบที่ถอดออกได้ด้วยเบสอ่อน ทำให้เหมาะสมกับกลยุทธ์การสังเคราะห์แบบขั้นตอนต่อเนื่องที่ต้องการการถอดป้องกันซ้ำๆ หมู่ tert-butoxycarbonyl (Boc) บนวงแหวนพิพีริดีนให้การป้องกันแบบออร์โธกอนัลสำหรับการปรับแต่งสายข้าง ซึ่งมีประโยชน์อย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์ซับซ้อนที่มีกรดอะมิโนที่ถูกดัดแปลง โครงสร้างนี้สนับสนุนการรวมตัวของสารตกค้างที่ถูกจำกัดทางคอนฟอร์เมชัน ช่วยในการออกแบบเปปไทด์ชีวภาพที่มีความเสถียรเพิ่มขึ้นและความเลือกสรรต่อตัวรับที่ดีขึ้น โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีคุณค่าต่อการเตรียมเพปโตไอมิเมติกส์และตัวกลางเภสัชกรรมที่ต้องการสเตอรีโอเคมีที่แม่นยำและการป้องกันสายข้างที่สำคัญ