ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยเฉพาะสำหรับการนำกรดอะมิโนไลซีนที่ถูกดัดแปลงหรือกรดอะมิโนที่มีกลุ่มพิริดิลเข้าไปในโซ่เปปไทด์ กลุ่ม Fmoc ช่วยให้การป้องกันที่ละลายได้ด้วยเบสอ่อน ซึ่งช่วยให้สามารถทำการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสแข็ง (solid-phase peptide synthesis) ภายใต้สภาวะเบสได้ ในขณะที่ยังคงเข้ากันได้กับสายข้างที่อ่อนไหวต่อกรด กลุ่ม pyridin-4-yl นำเสนอขั้วและศักยภาพในการประสานกับโลหะ ทำให้มีประโยชน์ในการพัฒนาเปปไทด์ตัวเร่ง ปิดยับยั้งเอนไซม์ หรือลิแกนด์ในการเชื่อมต่อทางชีวภาพ (bioconjugation) ความบริสุทธิ์ทางชิราลของมันช่วยรับประกันการสังเคราะห์ที่ควบคุมสเตอรีโอ ซึ่งสำคัญในงานวิจัยเภสัชกรรมที่เอนานติโอเมอร์เฉพาะกำหนดกิจกรรมทางชีวภาพ ใช้อย่างทั่วไปในการเตรียมยาที่มีฐานเปปไทด์ สารโพรบ และวัสดุชีวภาพ