ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยเฉพาะในการเตรียมเปปไทด์ชีวภาพเชิงซ้อน หมู่เบนซิลออกซิคาร์บอนิล (Cbz) ทำหน้าที่เป็นหมู่ป้องกันอะมีน ช่วยให้สามารถปลดป้องกันและจับคู่แบบเลือกได้ในกระบวนการประกอบเปปไทด์แบบเฟสของแข็งหรือแบบสารละลาย การกำหนดสเตอริโอเคมี (การกำหนดค่า S) รับประกันความสมบูรณ์ของคีรอลในผลิตภัณฑ์เปปไทด์สุดท้าย ซึ่งสำคัญต่อกิจกรรมทางชีวภาพ ใช้กันทั่วไปในการสังเคราะห์ตัวยับยั้งโปรติเอสและตัวยาเภสัชกรรมอื่นๆ ที่ต้องการลำดับกรดอะมิโนและการกำหนดค่าที่แม่นยำ นอกจากนี้ยังใช้เป็นตัวกลางในการผลิตยาปฏิชีวนะและตัวยับยั้งเอนไซม์