ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบเปปไทด์และยาที่มีโครงสร้างเป็นกรดอะมิโน เนื่องจากมีหมู่ Boc ที่ช่วยป้องกันไนโตรเจนของหมู่อะมิโน ทำให้ควบคุมการเกิดปฏิกิริยาได้อย่างเฉพาะเจาะจง โดยเฉพาะในขั้นตอนการสร้างพันธะเปปไทด์อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ยังนิยมใช้ในสังเคราะห์สารตั้งต้นของยากลุ่มโปรตีนคินาสอินฮิบิเตอร์ และสารที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เนื่องจากโครงสร้างที่มีความเป็นเชิงซ้าย (S-configuration) สอดคล้องกับธรรมชาติของกรดอะมิโนในสิ่งมีชีวิต