(S)-2-Aminohept-6-ynoic acid มักใช้เป็นสารตั้งต้นหรือตัวกลางในการสังเคราะห์สารประกอบทางชีวภาพที่มีโครงสร้างเฉพาะ โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านเภสัชกรรม เช่น การพัฒนายาที่มีเป้าหมายไปยังโปรตีนหรือเอนไซม์เฉพาะเจาะจง ด้วยโครงสร้างที่มีหมู่อะมิโนและหมู่อัลไคน์ ทำให้สามารถนำไปใช้ในการสร้างพันธะผ่านปฏิกิริยา click chemistry ได้ ซึ่งเป็นประโยชน์ในการติดตามหรือทำเครื่องหมายโมเลกุลในระบบชีวภาพ นอกจากนี้ ยังสามารถนำไปใช้ในการออกแบบเปปไทด์สังเคราะห์ที่มีคุณสมบัติพิเศษ เช่น ความต้านทานต่อการย่อยสลายของเอนไซม์ หรือการเพิ่มความสามารถในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพ