สารนี้ใช้เป็นตัวตั้งต้นในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในเทคนิค Fmoc solid-phase peptide synthesis (Fmoc-SPPS) ซึ่งเป็นวิธีที่นิยมในการสร้างเปปไทด์ในห้องปฏิบัติการ เนื่องจากหมู่ Fmoc (fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นหมู่ป้องกันหมู่อะมิโน (amine protecting group) ที่สามารถถอดออกได้ภายใต้สภาวะเบสอ่อน เช่น ใช้พิเพอรีดีน ทำให้สามารถสร้างพันธะเปปไทด์ทีละขั้นตอนได้อย่างมีประสิทธิภาพ โครงสร้างไซโคลโพรลีนที่มีการแทนที่ด้วยหมู่เมทิลและมีความเป็นสเตอริโอเฉพาะตัว (2S,4R) ช่วยให้เกิดเปปไทด์ที่มีรูปร่างสามมิติเฉพาะตัว ซึ่งสำคัญต่อการศึกษาโครงสร้าง-กิจกรรมของเปปไทด์ และการพัฒนายาที่ต้องการความจำเพาะสูง เช่น ยาต้านมะเร็ง หรือสารยับยั้งเอนไซม์ นอกจากนี้ สารนี้ยังใช้ในการวิจัยด้านชีวเคมีและเภสัชศาสตร์เพื่อสร้างเปปไทด์ที่มีความเสถียรภาพต่อการย่อยสลายของโปรตีเอส เพิ่มอายุการใช้งานของเปปไทด์ในระบบชีวภาพ