ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะเป็นสารตั้งต้นในการผลิตยาที่มีโครงสร้างเปปไทด์หรือสารที่มีหมู่ฟังก์ชันแอมิโนและไฮดรอกซีในตำแหน่งเฉพาะ นิยมใช้ในขั้นตอนการสร้างโครงสร้างของกรดอะมิโนอนุพันธ์ที่มีศูนย์อสมมาตร ซึ่งสำคัญต่อการควบคุมความจำเพาะทางชีวภาพของยา นอกจากนี้ยังใช้เป็นตัวกลางในปฏิกิริยาเคมีที่ต้องการป้องกันหมู่แอมิโนชั่วคราวในระหว่างการสังเคราะห์หลายขั้นตอน โดยกลุ่ม tert-butoxycarbonyl (Boc) สามารถถอดออกได้ง่ายภายใต้สภาวะกรดอ่อน ทำให้เหมาะกับการใช้งานในห้องปฏิบัติการวิจัยและอุตสาหกรรมยา