สารนี้ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์เปปไทด์หรือโปรตีนที่มีโครงสร้างเฉพาะ โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านชีวเคมีและเภสัชกรรม เนื่องจากมีหมู่อะมิโนและหมู่คาร์บอกซิลิกที่สามารถทำปฏิกิริยาต่อไปได้ ทำให้เหมาะสมในการสร้างพันธะเปปไทด์อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ โครงสร้างที่มีอินโดลอาจช่วยให้มีคุณสมบัติในการจับกับโปรตีนเป้าหมายในระบบชีวภาพ จึงมีศักยภาพในการพัฒนาเป็นสารตั้งต้นของยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทหรือฮอร์โมน เช่น สารที่ออกฤทธิ์ต่อตัวรับเซโรโทนิน หรือเปปไทด์ที่ส่งผลต่อการหลั่งของฮอร์โมนในร่างกาย