ใช้หลักในการสังเคราะห์เพปไทด์เป็นตัวประกอบอาคารกรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน กลุ่ม Fmoc ให้การป้องกันชั่วคราวสำหรับหน้าที่อะมีน อนุญาตให้ปฏิกิริยาเลือกที่ไซต์กรดคาร์บอกซิลิก สารนี้มีประโยชน์โดยเฉพาะในสังเคราะห์เพปไทด์แบบเฟสแข็ง (SPPS) ที่ซึ่งกลุ่มกรดคาร์บอกซิลิกของมันสามารถถูกกระตุ้นและจับคู่กับกลุ่มอะมิโนของกรดอะมิโนอื่นๆ กลุ่มฟลูออเรนิลอะโรมาติกช่วยให้การตรวจสอบปฏิกิริยาง่ายเนื่องจากกิจกรรม UV หลังจากการประกอบโซ่ กลุ่ม Fmoc ถูกลบภายใต้สภาวะเบสอ่อน ทิ้งกลุ่มป้องกันอื่นๆ ไว้ ทำให้เหมาะสำหรับการสังเคราะห์แบบขั้นตอนของเพปไทด์ที่ซับซ้อน โครงสร้างของมันยังให้ความละลายในตัวทำละลายอินทรีย์ทั่วไป สนับสนุนการจัดการและการทำให้บริสุทธิ์