ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบแข็ง โดยเฉพาะในระบบ Fmoc ซึ่งเหมาะสำหรับการสร้างเปปไทด์ที่มีโครงสร้างซับซ้อน หมู่ Mtt ทำหน้าที่เป็นหมู่ป้องกันหมู่อะมิโนของกรดอะมิโน Dap (Diaminopropionic acid) ซึ่งสามารถถอดหมู่ป้องกันออกได้แบบเลือกสรรภายใต้สภาวะกรดอ่อน เช่น ใช้ TFA ความเข้มข้นต่ำ ทำให้สามารถสร้างเปปไทด์ที่มีการดัดแปลงเฉพาะตำแหน่ง เช่น การต่อเติมสารฟลูออเรสเซนต์ หรือการสร้างเปปไทด์ที่มีไซต์ยึดติดสำหรับโปรตีนหรือโมเลกุลอื่นๆ ได้อย่างแม่นยำ โดยที่หมู่ Fmoc จะถูกถอดออกก่อนด้วยพิริโดน ทำให้สามารถควบคุมลำดับการสังเคราะห์ได้อย่างมีประสิทธิภาพ