ใช้ในสังเคราะห์เปปไทด์แบบแข็ง โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบขั้นตอนเดียว (solid-phase peptide synthesis) เนื่องจากหมู่ Fmoc ทำหน้าที่เป็นหมู่ป้องกันหมู่อะมิโน ซึ่งสามารถถอดออกได้ภายใต้สภาวะเบสอ่อน โดยไม่ทำลายหมู่ป้องกันอื่นๆ เช่น หมู่ Boc ที่ป้องกันไซด์เชนของฮิสทิดีน ทำให้สามารถควบคุมลำดับการสร้างพันธะเปปไทด์ได้อย่างแม่นยำ เหมาะสำหรับการสังเคราะห์เปปไทด์ที่มีโครงสร้างซับซ้อนหรือใช้ในงานวิจัยด้านชีววิทยาและเภสัชกรรม