ใช้ในสังเคราะห์เปปไทด์แบบแข็ง โดย Fmoc-alpha-Glutamine เป็นกรดอะมิโนที่ป้องกันกลุ่มแอมีนด้วยหมู่ Fmoc ซึ่งช่วยควบคุมการสร้างพันธะเปปไทด์ในขั้นตอนต่างๆ ได้อย่างแม่นยำ เหมาะสำหรับใช้ในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบ stepwise โดยเฉพาะในเครื่องสังเคราะห์เปปไทด์อัตโนมัติ นิยมใช้ในงานวิจัยด้านชีววิทยาโมเลกุล โปรตีนวิทยา และการพัฒนายา เนื่องจากให้ผลดีในการละลายน้ำและลดการเกิดโครงสร้างที่ไม่ต้องการระหว่างสังเคราะห์