ใช้ในสังเคราะห์เปปไทด์แบบแข็ง โดยเฉพาะในขั้นตอนการสังเคราะห์เปปไทด์ที่ต้องการป้องกันหมู่ไฮดรอกซิลของธรีโอนีนไม่ให้ทำปฏิกิริยาในระหว่างกระบวนการ Fmoc ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันปลายอะมิโน ซึ่งสามารถถอดออกได้ด้วยพิเพอริดีน ในขณะที่ TBDMS ทำหน้าที่ป้องกันหมู่ -OH ของธรีโอนีน และสามารถถอดออกได้ภายหลังด้วยสารตัวทำละลายที่มีฟลูออไรด์ เช่น TBAF เหมาะสำหรับการสร้างเปปไทด์ที่มีธรีโอนีนในตำแหน่งเฉพาะโดยไม่เกิดปฏิกิริยาข้างเคียง