ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการสร้างเปปไทด์หรือสารที่มีโครงสร้างคล้ายเปปไทด์ เนื่องจากมีหมู่ Boc ที่ช่วยป้องกันหมู่อะมิโน ทำให้ควบคุมการเกิดปฏิกิริยาได้อย่างมีเลือกสรรมากขึ้น โครงสร้างไซโคลเฮกซานที่มีการจัดเรียงแบบทรานส์ช่วยเพิ่มความเสถียรและกำหนดรูปร่างของโมเลกุล ซึ่งมีผลดีต่อการผูกพันกับเป้าหมายทางชีวภาพ เช่น เอนไซม์หรือตัวรับในร่างกาย นิยมใช้ในงานวิจัยด้านยาใหม่ โดยเฉพาะยาที่ต้องการความจำเพาะสูงและความสามารถในการดูดซึมที่ดี