ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาคลายกล้ามเนื้อและยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทส่วนกลาง ทำหน้าที่เป็นโครงสร้างพื้นฐานสำหรับสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะสารที่เล็งเป้าไปยังตัวรับทางระบบประสาท โครงสร้างไซโคลเฮกซานที่แข็งตัวช่วยเพิ่มความจำเพาะและความเสถียรในการออกแบบยา มักใช้ในงานวิจัยสำหรับการเตรียมเพปไทโดมิมิติกส์และโมเลกุลชีวภาพที่ได้รับประโยชน์จากข้อจำกัดทางคอนฟอร์เมชัน