L-Alanamine hydrochloride ถูกใช้ในการวิจัยทางเภสัชกรรมเป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสังเคราะห์เปปไทด์และสารประกอบชีวภาพอื่นๆ ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการผลิตยาต่างๆ โดยเฉพาะยาที่มุ่งเป้าไปที่ความผิดปกติทางระบบประสาทและเมแทบอลิซึม ในสาขาชีวเคมี ถูกนำมาใช้ในการศึกษาที่เกี่ยวข้องกับการเมแทบอลิซึมของกรดอะมิโนและโครงสร้างโปรตีน นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการพัฒนาแคทาลิสต์แบบ chiral และเป็นตัวเรย์เจนต์ในการสังเคราะห์อินทรีย์