L-3-Cyanophenylalanine เป็นกรดอะมิโนที่ไม่เป็นธรรมชาติ ใช้หลักในการวิจัยทางชีวเคมี เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในการศึกษาโครงสร้างและการทำงานของโปรตีน โดยเฉพาะในสเปกโทรสโกปีฟลูออเรสเซนส์และการทดลอง Förster resonance energy transfer (FRET) กลุ่มไซยาโนฟีนิลที่ไม่เหมือนใครช่วยในการติดฉลากและติดตามโปรตีนโดยเฉพาะ ทำให้ผู้วิจัยสามารถตรวจสอบปฏิกิริยาของโปรตีน การพับตัว และพลวัตแบบเรียลไทม์ นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนายับยั้งเอนไซม์และโพรบสำหรับทำความเข้าใจกลไกการทำงานของเอนไซม์ การรวมเข้าไปในเปปไทด์และโปรตีนช่วยในการสำรวจเส้นทางชีวภาพและออกแบบตัวแทนบำบัดใหม่