3-(1-Naphthyl)-D-alanine Hydrochloride เป็นสารประกอบที่ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์และการวิจัยทางชีวเคมี สารนี้ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างเปปไทด์ที่ถูกดัดแปลง โดยเฉพาะในการศึกษาที่เกี่ยวข้องกับการติดฉลากด้วยฟลูออเรสเซนส์และการวิเคราะห์โครงสร้าง กลุ่มนาฟทิลของมันช่วยเสริมคุณสมบัติการเรืองแสง ทำให้มีคุณค่าต่อการติดตามและการถ่ายภาพ นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนายับยั้งเอนไซม์และลิแกนด์ตัวรับ เนื่องจากความสามารถในการเลียนแบบกรดอะมิโนธรรมชาติ ขณะที่นำเสนอผลกระทบทาง steric และ electronic ที่ไม่เหมือนใคร การประยุกต์ใช้ของสารนี้ขยายไปถึงการสำรวจปฏิกิริยาโปรตีน-โปรตีนและการออกแบบยาที่มีฐานเป็นเปปไทด์