N-FMOC-ethylenediamine ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์และสารประกอบทางเคมีอื่นๆ โดยเฉพาะในด้านเคมีอินทรีย์และชีวเคมี เนื่องจากกลุ่ม FMOC (9-fluorenylmethoxycarbonyl) ที่ติดอยู่กับโมเลกุลนี้ช่วยในการป้องกันกลุ่มเอมีน (amine) ในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ ทำให้สามารถควบคุมและเลือกปฏิกิริยาได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมสารตั้งต้นสำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน เช่น เปปไทด์ที่มีโครงสร้างเฉพาะเจาะจง ซึ่งมีความสำคัญในการวิจัยทางการแพทย์และเภสัชวิทยา เช่น การพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ