เบนซิล (เมทอกซิเมทิล)คาร์บาเมต ถูกนำมาใช้หลักในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ในฐานะกลุ่มปกป้องสำหรับอะมีน การประยุกต์ใช้ของมันมีความสำคัญอย่างยิ่งในเคมีเปปไทด์ ซึ่งช่วยปกป้องกลุ่มอะมิโนระหว่างปฏิกิริยาที่ซับซ้อน เพื่อให้มั่นใจในการแปลงแบบเลือกเฉพาะโดยไม่เกิดปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ สารประกอบนี้ยังถูกใช้ในการพัฒนายาเภสัชภัณฑ์ ซึ่งช่วยในการสังเคราะห์ส่วนประกอบที่ใช้งานได้โดยรักษาความสมบูรณ์ของหน้าที่อะมีน นอกจากนี้ยังพบการใช้ในการเตรียมสารเคมีละเอียดและสารกลาง ซึ่งมีส่วนช่วยในการผลิตสารประกอบเฉพาะทางต่างๆ ในสภาพแวดล้อมอุตสาหกรรมและการวิจัย