N-Boc-ethylenediamine hydrochloride ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมเภสัชภัณฑ์และสารประกอบชีวภาพ มันทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับเอมีน ช่วยให้ปฏิกิริยาเลือกเพศเกิดขึ้นโดยไม่กระทบต่อการทำงานของเอมีน ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ ซึ่งช่วยในการสร้างโซ่เปปไทด์แบบขั้นตอน นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาผู้สมัครยา โดยเฉพาะในการปรับเปลี่ยนโมเลกุลที่มีเอมีนเพื่อเพิ่มความเสถียรหรือ bioavailability การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการผลิตสารเคมีเกษตรและเคมีภัณฑ์ละเอียด ซึ่งต้องการการควบคุมปฏิกิริยาเคมีอย่างแม่นยำ