ไตรฟีนิลเมทิลามีนถูกใช้ในหลายด้านของเคมีอินทรีย์ โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีและเป็นสารตั้งต้นในการผลิตสารประกอบอื่นๆ มักใช้เป็นรีเอเจนต์ในปฏิกิริยาการป้องกันกลุ่มฟังก์ชัน (protecting group) ในโมเลกุลอินทรีย์ เนื่องจากมีความเสถียรและสามารถกำจัดออกได้ง่ายเมื่อสิ้นสุดปฏิกิริยา นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีและกลไกการเกิดปฏิกิริยา รวมถึงการวิจัยทางด้านเคมีเชิงทฤษฎีและเคมีคอมพิวเตอร์ ไตรฟีนิลเมทิลามีนยังมีบทบาทในอุตสาหกรรมยาและสารเคมีเฉพาะทาง โดยเป็นส่วนหนึ่งของการพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ