4-Methoxybenzyl carbonochloridate เป็นสารเคมีที่ใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ในฐานะ protecting group สำหรับแอลกอฮอล์และเอมีน ช่วยในการปรับเปลี่ยนแบบเลือกสรรของโมเลกุลที่ซับซ้อน การประยุกต์ใช้ของมันมีความสำคัญในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ ซึ่งช่วยปกป้องกลุ่มฟังก์ชันระหว่างปฏิกิริยา นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารกลางในการผลิตยาและสารเคมีเกษตร ทำให้สามารถสร้างโครงสร้างโมเลกุลเฉพาะเจาะจงได้ ความคงตัวและปฏิกิริยาของมันทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในการพัฒนาสารเคมีละเอียดและส่วนประกอบออกฤทธิ์ นอกจากนี้ ยังใช้เป็นรีเอเจนต์ในการป้องกันกลุ่มฟังก์ชันไฮดรอกซิล (hydroxyl protection) ในโมเลกุลสารตั้งต้น เพื่อให้สามารถทำปฏิกิริยาเคมีอื่นๆ ได้โดยไม่กระทบต่อกลุ่มดังกล่าว และในการสร้างพันธะคาร์บอน-ออกซิเจน (C-O bond) ในขั้นตอนการสังเคราะห์สารเคมีต่างๆ โดยเฉพาะในด้านเคมีอินทรีย์สังเคราะห์และเคมีเภสัชกรรม