ใช้ในงานสังเคราะห์สารเคมีที่ต้องการหมู่อะมิโนที่มีการป้องกันตัว เนื่องจากหมู่ tert-butyloxycarbonyl (Boc) ทำหน้าที่เป็นหมู่ป้องกัน (protecting group) ที่ช่วยป้องกันไม่ให้หมู่อะมิโนเกิดปฏิกิริยาในขั้นตอนอื่นๆ ระหว่างการสังเคราะห์ ซึ่งสามารถถอดหมู่ป้องกันออกได้ง่ายภายใต้สภาวะกรดอ่อนๆ เพื่อให้ได้สารประกอบอะมิโนที่ต้องการในขั้นตอนสุดท้าย เหมาะสำหรับการสร้างเปปไทด์หรือสารประกอบที่มีโครงสร้างซับซ้อนที่ต้องควบคุมตำแหน่งของปฏิกิริยาอย่างแม่นยำ