ใช้เป็นสารตัวกลางในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ที่ต้องการการป้องกันหมู่แอมีน หมู่ tert-butyloxycarbonyl (Boc) ให้ความเสถียรในปฏิกิริยาหลายขั้นตอน และสามารถกำจัดออกได้ภายใต้สภาวะกรดอ่อน ทำให้มีคุณค่าในเคมีเพปไทด์และเคมีเฮเทโรไซคลิก หมู่ไซยาโนเบนซิลสามารถใช้เป็นตัวนำสำหรับการปรับแต่งเพิ่มเติม เช่น การแปลงเป็นเทตราโซลหรือกรดคาร์บอกซิลิก ซึ่งมีประโยชน์ในการออกแบบยาสำหรับการแทนที่แบบไบโอไอโซสเตริกหรือการเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึม ใช้กันทั่วไปในงานวิจัยสำหรับการสร้างโมเลกุลซับซ้อนในเคมียารักษาโรค