2-(Trifluoroacetamido)ethylamine dihydrochloride ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการเตรียมสารประกอบทางเภสัชกรรมต่างๆ กลุ่ม trifluoroacetamido มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์ ซึ่งทำหน้าที่เป็นสารป้องกันสำหรับอะมีน เพื่อให้เกิดปฏิกิริยาแบบเลือกสรร นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการพัฒนาโมเลกุลชีวภาพและสารเคมีเกษตร เนื่องจากสามารถนำกลุ่ม trifluoromethyl เข้ามา ซึ่งช่วยเพิ่มความเสถียรและ bioavailability รูปแบบ dihydrochloride ช่วยในการละลายและจัดการในกระบวนการเคมี