เบนซิล คาร์บาเมตใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารป้องกันสำหรับอะมีน ช่วยปกป้องส่วนประกอบอะมีนในระหว่างปฏิกิริยาเคมี ทำให้สามารถทำการแปลงเลือกเฉพาะในโมเลกุลที่ซับซ้อน สารนี้ยังใช้ในการเตรียมยา โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางในการสังเคราะห์ส่วนประกอบที่ใช้งานต่างๆ นอกจากนี้ เบนซิล คาร์บาเมตยังพบการประยุกต์ใช้ในการพัฒนาโพลีเมอร์และเรซิน ซึ่งช่วยในการสร้างวัสดุที่มีคุณสมบัติเฉพาะ บทบาทของมันในการสังเคราะห์เปปไทด์นั้นน่าท่องจำ เนื่องจากช่วยในการสร้างโซ่เปปไทด์แบบขั้นตอนโดยการป้องกันกลุ่มอะมิโน