ใช้ในอุตสาหกรรมเคมีเป็นตัวทำปฏิกิริยาในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ โดยเฉพาะในงานผลิตสารที่มีโครงสร้างฟีนิลและสารอนุพันธ์ของไอโซธิโอไซยาเนต มักใช้เป็นตัวกลางในการสร้างสารต้านจุลชีพ หรือสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพอื่น ๆ ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรม นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการพัฒนาเซนเซอร์เคมีหรือโมเลกุลที่มีการจับกับโปรตีนเฉพาะ เนื่องจากกลุ่มไอโซธิโอไซยาเนตมีความสามารถในการทำปฏิกิริยากับหมู่อะมิโนของกรดอะมิโน เช่น ไลซีน ซึ่งมีประโยชน์ในการติดฉลากโปรตีนหรือศึกษาชีวโมเลกุล