เบนซีน-1,2,3,4,5,6-เฮกซาอามีน ไตรไฮโดรคลอไรด์ ถูกใช้หลักๆ ในการสังเคราะห์อินทรีย์และการประยุกต์ใช้ทางวิจัย โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการเตรียมสารประกอบอินทรีย์ที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร โครงสร้างเฮกซาอามีนของมันมีคุณค่าต่อการสร้างโพลิเมอร์และคอมเพล็กซ์การประสานที่จำเป็นในวิทยาศาสตร์วัสดุและการเร่งปฏิกิริยา นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์ลิกานด์สำหรับโครงสร้างโลหะอินทรีย์ (MOFs) ซึ่งมี ứng dụngในการเก็บก๊าซ การแยก และการเร่งปฏิกิริยา ความสามารถในการสร้างคอมเพล็กซ์ที่เสถียรกับโลหะยังทำให้มีประโยชน์ในเคมีวิเคราะห์สำหรับการตรวจจับและแยกไอออนโลหะ โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตโพลิเมอร์ วัสดุคอมโพสิต สารเคลือบ สารปรับแต่งพื้นผิวที่มีความทนทานสูง และการประยุกต์ใช้ในกระบวนการทางเคมีไฟฟ้าเพื่อพัฒนาวัสดุสำหรับแบตเตอรี่หรือตัวเก็บประจุ รวมถึงการวิจัยทางเคมีเพื่อศึกษาปฏิกิริยาและคุณสมบัติของสารที่มีกลุ่มอะมิโนหลายตัว