4-Cyanobenzamidine Hydrochloride ถูกนำมาใช้หลักๆ ในงานสังเคราะห์อินทรีย์ โดยสารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการเตรียมยาต่างๆ มันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายับยั้งเอนไซม์ โดยโครงสร้างของมันช่วยให้เกิดปฏิกิริยาที่มีประสิทธิภาพกับโปรตีนเป้าหมาย นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิก ซึ่งมีความสำคัญในเคมีเภสัชกรรมในการสร้างยาที่มีผลทางรักษาหลากหลาย บทบาทในงานวิจัยขยายไปถึงการศึกษากลไกทางชีวเคมี ช่วยในการทำความเข้าใจกลไกของโรคและการค้นพบการรักษาใหม่